Идея о проведении Первой школы молодых ученых на базе ИЭФБ им. И.М. Сеченова зрела в умах научной элиты Института еще с 1970-х годов по опыту других школ. К 1982 г., благодаря счастливому стечению обстоятельств, стала реальностью – молодой директор Института В.Л. Свидерский объявил о проведении первой школы по «Эволюции биосистем» и привлек к ее организации Совет молодых ученых Института. К этому времени члены Совета молодых ученых И.А. Журавин, Ю.А. Карелин и А.Н. Ветош уже имели немалый опыт участия и организации школ по биомедкибернетике. Созданный оргкомитет школы возглавил Ю.А. Карелин, формирование программы было поручено И.А. Журавину, а А.Н. Ветош отвечал за информационное обеспечение на подготовительном этапе. В состав оргкомитета также вошли Н.Н. Наливаева, С.А. Плеснева, С.П. Гамбарян, А.Н. Князев Н.П. Андогская и др.
Школа прошла 22-27 февраля 1982 г. в Репинской туристской гостинице под Ленинградом. Блестящие лекции были прочитаны Е.М. Крепсом, Ю.И. Полянским, А.В. Ивановым, А.Л. Поленовым, Ю.В. Наточиным, А.М. Уголевым, Л.Г. Магазаником, Ф.Г. Грибакиным, В.В. Меншуткиным. Слушателями первой школы были 64 сотрудника Института. Большой интерес к новой форме обсуждения проблем эволюционной физиологии и биохимии проявили сотрудники биологических институтов Ленинграда. Школа оставила заметный след в научной жизни города и привлекла внимание специалистов из других научных центров.
Следующая школа состоялась в феврале 1984 г. в Репино. В ней приняло участие 102 научных сотрудника уже со всего Советского Союза. Лекции И.П. Ашмарина, Д.А. Сахарова, Ю.А. Чайковского, В.О. Самойлова, Б.М. Медникова, Я.А. Винникова, А.С. Северцова и их обсуждение вызвали огромный интерес участников школы.
Третья школа прошла 10-19 апреля 1989 г. Количество участников превысило 100 человек. Обсуждались проблемы: «Формально-логические варианты теории эволюции», «Кладистический и эволюционный подход к классификации позвоночных», «Эколого-генетический синтез в теории микроэволюции», «Микробиологические факторы эволюции биосферы». Увеличился объем времени, посвященного публичным дискуссиям, семинарским занятиям, обсуждениям в форме круглого стола.
В 90-ые годы в сложившихся экономических условиях Институт не отказался от продолжения традиции проведения школ для молодых ученых.
Следующая четвертая школа состоялась 22-26 апреля 1996 г. в Санкт-Петербурге. Традиционно обсуждались проблемы: «Эволюция нервной системы», «Молекулярные проблемы эволюции функций», «Эволюционное взаимодействие организма и среды», «Общие вопросы теории эволюции».
Пятая школа по «Эволюционной физиологии» прошла 22-25 ноября 2001 г. в Репино. Почти 100 участников из разных научных центров России обсуждали генетические, биохимические и цитологические аспекты функциональной эволюции. К организации и проведению школы председателем оргкомитета Ю.А. Карелиным были привлечены новые молодые научные сотрудники Института: О.С. Алексеева, О.В. Чистякова, А.В. Ахи, Т.В. Чабан, Э.А. Бурых.
В 2006 г. 26 –28 января в Репино была проведена шестая школа молодых ученых с международным участием. Внимание слушателей привлекли доклады М.А. Островского, П.Д. Брежестовского, К.Ю. Еськова, Е.Е. Никольского и В.И. Говардовского. В дискуссиях обсуждались вопросы взаимодействия молекулярно-генетических и культурных аспектов эволюционных процессов.
Спустя пять лет в 2011 г. Институт организовал традиционную седьмую школу по «Эволюционной физиологии». П.М. Балабан, В.Н. Анисимов, Т.В. Черниговская, А.Ю. Егоров предложили обсудить актуальные аспекты и нетрадиционные подходы для анализа процессов эволюции функций и функциональной эволюции. Особое внимание участников привлек семинар, инициированный К.В. Анохиным, – «Какую проблему Л.А. Орбели считал самой интересной в эволюционной физиологии?».
Восьмая школа по эволюционной физиологии прошла в рамках торжеств, посвященных 60-летию основания ИЭФБ РАН и собрала доклады различных тематик – от редактирования генома, до революционного понимания в таксономии и эволюции. На школе выступили В.В, Малахов, К.В. Северинов, А.Н. Томилин, А.О. Шпаков, Ю.П. Герасименко, К.В. Анохин, П.М. Балабан, Т.В. Черниговская и многие другие. В рамках школы прошла стендовая сессия молодых ученых, на который ведущие лекторы школы оценили стендовые доклады участников школы и выявили тройку победителей.